Le département de l'Allier possède un réseau hydrographique (important avec près de 5000 km de cours d'eau dont :

- 600 km classé en 1^ère Catégorie piscicole principalement dans le sud du département,

- 850 km classés en 2^ème Catégorie piscicole, notamment les principaux cours d'eau (Cher, Allier, Loire).

(Cliquer sur la carte du réseau hydrographique de l'Allier:)

Le département dispose aussi d'autres formes d'eaux superficielles avec :

- 110 km de canaux pour la navigation (canal de Berry, canal de Roanne à Digoin, canal latéral à la Loire),

- 620 ha de plans d'eau.

Certains plans d'eau servent de lieux de baignade mais la majeure partie d'entre eux est réservée à l'activité de pêche.

L'eau superficielle constitue l'une des principale source d'eau potable dans le département : parmi les captages d'eau pour l'AEP (Adduction d'Eau Potable), 7 d'entre eux sont des captages d'eau superficielle.

La qualité des eaux superficielles est moyenne sur l'ensemble du département (d'après le SEQ-eau).

Le département de l'Allier peut se subdiviser en 3 grands bassins versants :

- Celui du Cher qui s'écoule en grande partie sur un socle granitique ;

- Celui de l'Allier qui circule sur les sables et les argiles du Bourbonnais ;

- Celui de la Loire drainé par la Besbre, son principal affluent dans le département.

Ces différents secteurs abritent des milieux aquatiques naturels particulièrement fragiles et souvent directement influencés par la qualité de l'eau. On recense 9 Zone Naturelle d'Intérêt Ecologique, Faunistique ou Floristique (ZNIEFF) ainsi que 18 sites Natura 2000 :

- Les étangs de la Sologne bourbonnaise ;

- La réserve naturelle du val d'Allier ;

- Les gorges du haut Cher ;

- La basse Sioule ;

- La forêt alluviale de la Loire.

Concernant les eaux superficielles, le BDQE joue un rôle dans :

- la surveillance de la qualité des eaux (réseau complémentaire au Réseau National de Bassin (RNB)),

- la diffusion des données au grand public (site Internet).